SERVIER CAMPUS

Stage M2 BioInformatique et Biologie Computationnelle (H/F)


Published on
19 Oct2020
Duration

6mois

Reference

STG_ BioInf/BioComp_21

Remuneration

By profile

Location

Croissy-sur-Seine

Start date

January 2021


Job description

Au sein de l'équipe de Bioinformatique, vous aurez en charge l'examen et la sélection d’outils d’identification de type de cellule pour l’analyse des données RNAseq à cellule unique, et l'intégration des outils sélectionnés pour adapter l’analyse de la base de données à cellule unique.

Missions

  • Examen des outils d’identification de type de cellule existants pour les données RNAseq à cellule unique
  • Faire un benchmark des outils avec la base de données RNAseq à cellule unique publique des types de cellules connus
  • Sélection d’outils en fonction des critères suivants : a) applicables à différents types d’ensemble de données à cellule unique (10X, smartSeq, ...); b) haute performance, avec une haute précision d’identification de type cellulaire; c) ergonomique / facilité d’implémentation (R, python préféré)
  • Implémentation des outils sélectionnés
  • Mise en application de l'outil pour des projets internes

Required profile

Formation : idéalement Master 2 Bioinformatique ou Biostatistiques

Compétences : Bonne connaissance de l’analyse des données RNAseq à cellule unique et de la méthode d’apprentissage automatique; Connaissance de la biologie et des statistiques

Personne autonome, sérieuse, motivée et avec un bon esprit d'équipe

Expériences : la familiarité avec l'environnement Linux, R et Python est obligatoire

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